Işık hızına geçebilen ilk uzay savaş gemisi Luxion ve beraberindeki filo, uzayın derinliklerine doğru çıktıkları sefer esnasında o ana değin insanoğlunun hiç bilmediği yabancı bir yaşam formuyla karşılaşır. Hareket hızı, yer çekimi, radyasyon ve sıcaklığa dayanma gibi yönlerden bilimin tanımlayabildiği kozmik sınırlarda yer alan ve hatta uzayda hayatta kalıp çoğalabilecek şekilde evrilmiş bu dev yaşam formu, elindeki kuvvetlerle filoya saldırarak büyük bir kıyım gerçekleştirir. Bu yenilginin faturası büyük ölçüde filo saldırısı sırasında kaybolan General Takaya’ya çıkarılır. Olaydan bir yıl sonra, bu düşman yaşam formunu güneş sistemine giriş yapmadan evvel geri püskürtmek adına bir anti-madde reaktöründen güç alan Buster Machina adlı, dev bir saldırı robotu üretme odaklı RX projesine başlanır. Bu proje kapsamında halihazırda uzayda savaşmak için pilotlara ihtiyaç vardır ve onları yetiştirmek için okullar açılır. Okinawa Bayan Uzay Pilotu Okulu’na kayıt olan General Takaya’nın kızı Noriko Takaya da, babasına küçükken söz verdiği gibi uzaya açılmak istemektedir. Tabi bunun bir sebebi de kalbinde bir yerlerde babasının ölmediğine olan inancı yatar. Lakin Noriko, uzayda savaşmak amacıyla üretilen seri üretim robotları yönetme hususunda pek de başarılı değildir.

Okula yeni atanan ve RX Projesi’nde görevli bulunan Koç Ohta, RX projesi için seçilecek iki pilot adayını belirleme göreviyle okula adımını atar atmaz herkesi okulun çevresinde manuel ayara alınmış birimleriyle birlikte koşturur. Noriko ise telaş ve beceriksizliğinden neredeyse doğru düzgün hareket bile edemez. Ertesi gün seçilen öğrencilerin listesi yayınlanır. Lakin liste herkes için şok etkisi yaratır: Yeteneğiyle herkesin bu görev için en uygun kişi olduğuna inandığı okulun biricik Onee-sama’sı Amano Kazumi ile beceriksizliği ve General Takaya’nın kızı olması sebebiyle devamlı hor görülen Noriko Takaya eşleşmiştir.

Noriko başta bunun bir yanlışlık olduğunu yada General’in kızı olduğu için kayırıldığını düşünür ve buna karşı çıkar. Zira bir savaş robotu yönetmek, hele hele uzayda savaşmak onun tahayyül bile edemeyeceği birşeydir. Öte yandan Koç, fikrini değiştirmez ve Noriko’yu giderek daha çok çalışmaya zorlar. Noriko ne yapsa ne etse o bu kararından dönmeyince bir süre sonra Koç’un kendisinden beklentilerinin büyüklüğünü ve ona emanet edilmiş sorumluluğu tahayyül ederek giderek daha çok çalışmayı kabullenir, kendine güvenerek değişmeye başlar ve kendi ayakları üzerinde duran bir birey haline gelir. Bu süreç de neticede en sonda evrenin kaderini değiştirecek epik olaylar dizisinin başlangıcı olacaktır.

Gunbuster, her ne kadar konu itibariyle klişe bir öykü üstüne (Dünya’yı ve insanlığı tehdit eden uzaylı güçler ile savaş) inşa edilmiş gibi görünüyor olsa da, işleniş olarak büyük oranda Noriko’nun, endişelerinin ve kimi saplantılarının (Makineleri kullanmak için yetersiz olduğuna olan inancı ve sonrasında savaşta savaşırsa başarısız olup sevdiklerinin ölmesine sebep olacağı korkusu) üstesinden gelip zihinsel olarak erişkin bir bireye dönüşme öyküsü. Bu bağlamda içerisinde en azından başlarda fazla aksiyon barındırmayan, ama karakter ve hikâye gelişimi açısından gayet tatminkâr bir ilerleyişe ve sona sahip.