Aina onu arayan ekip tarafından bulunarak, Zeon lideri Degwin Zabi’nin kişisel emri üzerine atmosfer dışından giriş yapıp Federasyon’un Brezilya cangıllarındaki gizli merkez karargahı olan Jaburo’yu tespit edilir edilmez sığınaklarına kadar yok edecek, enerji dalgası yayabilecek deneysel bir enerji silahı taşıyan Apsalus kod adlı  Mobile Armor geliştirilmesi projesi üzerinde çalışan, dahi ve işine hastalıklı bir ihtirasla bağlı mühendis abisi Ginias’ın yanına, Himalayalar’daki gizli Zeon üssü Lhassa’ya getirilir. Shiro da Güney Asya’da General Kojima’nın “radikal” birliği Kojima Tugayı’na, 8. MS Takımı’na tim komutanı olarak tayin edilmiştir.

Shiro bu karşılaşmadan sonraki yeni yerinde, beraber tayin edildiği toy asker Michel Nonorich, daha önce tayin edildiği tüm takımların tamamın ölmesinden dolayı “Azrail” namıyla anılan Terry Sanders Jr, bir müzik yıldızı olma hayali kurarken kendini savaşın ortasında bulan ciddiyet sorunlarından muzdarip Eledore Massis, her tim kumandanının ortamdan bezip gitmesi üzerine sürekli etrafı çekip çevirmek zorunda bulan agresif kadın asker Karen Joshua’dan oluşan birbiriyle alakasız karakterde askerlerden oluşan 8. MS takımının komutasına tayin edilir. Bu yeni görev yerinde Shiro subay olmasına karşın bir çaylak olarak başlarda pek saygı görmez. Ama yetenekleri ve birkaç pusuda gösterdiği kahramanlıklar onu saygı duyulan bir asker konumuna getirir. Başlangıçta takım üyeleri başlarına getirilen bu genç ve tecrübesiz subaya pek güvenmezler, öte yandan ciddiye alınmadığını hisseden Shiro yine de onların içlerindeki potansiyele güvenir. Cesareti, kararlılığı ve iyi kalpliliği ile kısa bir süre sonra onu dünkü çocuk gibi gören takım arkadaşlarının saygısını ve güvenini kazanmaya başlar. Shiro aynı zamanda bir görev esnasında bölgedeki bir gerilla grubunun liderinin kızı olan Kiki Rosita ile tanışır ve onun desteğini de kazanmakta gecikmez.

Kaçınılmaz bir şekilde Apsalus Projesi ile karşılaşan Shiro’nun ekibi bu olayla bir dönüm noktasına gelirler. Savaşa Zeon’dan intikam almak için katılan genç Federasyon subayı, Aina ile karşılaşmasından sonra aslında ona aşık olduğunu anlar ve savaşa olan bakışını sorgulamaya başlar. Bir yanda asker olarak bağlı olduğu kuvvete,insanlara ve yoldaşlarına olan sorumluluğunu yerine getirmeye çalışırken bir yandan da düşman olduğu tarafta olan sevdiği kadını korumaya çalışması Shiro’yu büyük bir keşmekeşin içine sokar. Fakat Shiro , her savaşında, savaşın her aşamasına biraz daha dahil olduğunda savaşın insan ruhuyla bağdaşabilecek son yer olduğunu anlar, sonrasında komutanları tarafından güveninin sınanacağı ciddi bir suçlama ile karşılaşacaktır. Ginias’nın baskısı altındaki Aina ve her savaşta savaş ile gerçeğin acı yüzüne biraz daha yaklaşan Shiro’nun kaderleri kesin olarak kesişmek üzeredir ve bu nokta, ikisinin de birbirleri için yok edilmesi gereken düşmanlar olduklarını anladıkları nokta olacaktır. Artık bu iki insan görevleri ve hissettikleri arasında bir seçim yaparak bir yerde dönüşü olmayan bir yola girecektir.