Belli sektör veya gezegenlerde işlerin koordine edilmesi için “Conclave” denilen konseyler vardır. Bu gruplar genelde bir büyük usta veya lord tarafından yönetilir ve düzensiz toplantılar yaparlar. Bu toplantılarda tehdit analizi ve bilgi alışverişinin yanı sıra rütbe yükseltme ve cezalandırma kararları da alınır. İki engizitörün birbirini hainlikle suçlaması gibi ciddi olaylarda konsey mahkeme görevini de üstlenir.

Deathwatch

Daha önce söylendiği gibi engizitörler İmparatorluk bünyesindeki herkese emir verebilir ve onlardan yardım isteyebilirler. Ayrıca çok önemli durumlarda kurumların veya gezegenlerin kontrolünü bile ellerine alabilirler. Bu güç tamamen sınırsız ve kontrolsüz değildir ve yanlış duvara çarpan engizitörler kendilerini engizisyon mahkemesinde bulabilirler. Astartes (Space Marineler) ve Mechanicus (Makina Rahipleri) alışıldık imparatorluk sistemi dışında olmalarına rağmen, genelde politik olarak sıkıntı çıkarmamak için engizitörlerin taleplerine uyarlar.

Engizitörlerin büyük kısmı varolan engizitörlerin emrinde çalışan yüksek rütbe acolyteler arasından seçilir. Sınırlı olarak İmparatorluk Muhafızı subay ve komiserlerinin, bazı rahiplerin ve hatta savcı ve yargıçların bile engizitör yapıldığı görülmüştür.

Askeri Güç

Engizisyon gerektiğinde bütün İmparatorluk ordularından destek çağırabilse de, savaştığı tehlikelerin özel oluşu sebebiyle kendi elit kuvvetlerini de kullanır. Bunun en temel örneği engizisyon “stormtrooper” birlikleridir. Bu birlikler İmparatorluk muhafızlarından çok daha eğitimli ve çok daha iyi donanımlı olan ama sonuçta insanlardan oluşan birliklerdir.

Deathwatch, Ordo Xenos’a bağlı bir Space Marine ordusudur. Bütün üyeleri farklı farklı Space Marine ordularından alınan askerlerden oluşur. Deatwatch’a gelen her Space Marine zırhını sağ omuzluk harici siyaha boyar (Zırhın tamamının boyanması makina ruhuna hakarettir) ve sol omzuna gümüş Deathwatch işaretini takar. Bu askerlerin çoğu belli bir süre hizmetin sonunda elde ettikleri deneyimi kendi ordularına aktarmak üzere geri dönerler. Deathwatch genelde engizitörlere tahsis edilen 1-25 kişilik ekipler halinde çalışır ve en tehlikeli ırkların olduğu, sıradan insanların dayanamayacağı savaş koşullarına girer. Ekipmanları, savaşacakları düşmanlara göre özelleştirilebilir.

Grey Knights ve Ordo Malleus Engizitörü

Grey Knights, Ordo Malleus’a bağlı, Satürn’ün uydusu Titan merkezli bir Space Marine organizasyonudur. Bütün askerleri psişik güçlere sahip bu özel ordu, warp merkezli karanlık güçlere ve şeytanlara karşı özel eğitilirler ve onların bütün kandırma girişimleri ve bozucu etkilerine karşı bağışık olurlar. Bütün silahları psişik güçlerini yöneltebilecek şekilde yapıldığından hem uzun, hem de kısa mesafede tehlikelidirler. Bu organizasyonun varlığı o kadar gizlidir ki, Grey Knight gören sıradan insanlar gördüklerini anlatmasınlar diye savaş bittikten sonra öldürülürler.

Felsefi Ayrım

Senato’ya değil doğrudan İmparatora bağlı olması, tek bir liderinin olmaması ve engizitörlere kendi yöntemlerini kullanma serbestliği vermesi sebebi ile Engizisyon büyük fikir ve yöntem ayrılıklarını bünyesinde barındırır. Az çok her engizitör insanlığı ve İmparatorluğu korumak için kendi yöntemlerini benimsediğinden zaman içerisinde belli felsefe ve yöntemler usta-çırak ilişkisi ile bütün Engizisyon’a yayılmıştır. Engizisyon içindeki ayrım öyle bir seviyededir ki; bazı engizitörler ve gruplar, başka engizitör ve grupları yok etmenin İmparatorluğun düşmanlarını yok etmekten daha önemli olduğunu düşünür hale gelmişlerdir.

Engizisyon içindeki felsefi ve yöntemsel ayrım genel olarak iki kategoriye ayrılır: Püritenler ve Radikaller.