Paranoia, felaket sonrası edebiyatında sıkça karşımıza çıkan vaultlardan birinde yaşamanın zorluklarıyla ilgilidir. Oyunun içinde geçtiği Alpha Complex sakinleri, kötü sentetik yemekler, faşizan gözetleme ve sorunlu teknoloji gibi standart Vault sorunlarının yanında; paranoyak, şizofren ve şiddete meyyal bir ana kontrol bilgisayarıyla da uğraşmak zorundadırlar. Paranoia ciddi, komik veya karanlık oynanabilir; ama her oyun şekli bol miktarda hiciv içerir. Oyuncuların birbirinin kuyusunu kazması ve sosyal statülerini geliştirmek için her türlü planı denemeleri oyunun odağındadır. Bilgisayar, tam anlamıyla paranoyaktır ve bilindiği kadarıyla bir işlemcisinin çekirdekleri bile birbirlerine güvenmez, bilgisayar tesisteki her insanı potansiyel hain olarak gördüğü için bilgisayarın gözüne girmenin tek yolu başka hainleri açığa çıkarmaktır.

Bilgisayar, çok eskiden bir hafıza sorunu yaşamış ve hafızasını yeniden tararken bulduğu Soğuk Savaş döneminden kalma Amerikan propogandalarını gerçek sanmıştır. Tesis içindeki muhtemel komünist devrimine karşı faşizan önlemler alan bilgisayar, insanları canından bezdirmiş ve tepki olarak gerçek bir gizli komünist partisinin kurulmasına sebep olmuştur. Bu yeni komünizm dalgasından esinlenen başka insan grupları da kendi gizli topluluklarını kurmuştur. Bilgisayarın bu yeni topluluklara olan sert tepkisi dev bir hareket oluşturmuş ve bütün tesis sakinlerinin en azından bir gizli gruba üye olmasını sağlamıştır. Aynı zamanda bilgisayarın klonlama ve insan üretimi makineleri yıllar önce bozulduğundan her insan küçük çaplı mutasyonlarla doğmaktadır. Bilgisayar da temel direktifleri gereği, insan genetiğini korumak için tesis içindeki her mutantı öldürmekle yükümlüdür. Doğal olarak bu koşullar altında bilgisayarın delirmesi pek de uzun sürmemiştir. Bilgisayar hala iyi niyetli olduğunu ve tesisindeki masumları, mutantlarla hainlerden koruduğunu sanmaktadır.

Paranoia’daki gizli örgütler, gerçek dünya örgütlerinin ve komplo teorilerinin parodileridir. Her gizli örgütün çok iyi belirlenmiş bir amacı vardır ama dış dünya ya da geçmiş yaşamla ilgili bilgiler çok zor bulunduğundan genelde tam olarak ne yaptıklarından pek haberleri yoktur. Illuminati üyeleri kırmızı cübbelerle sürekli bilgisayarı devirip dünyayı ele geçirme planları yaparlar ama sorsan hiçbiri tesisin ana kapısının yerini bilmez.

En basit haliyle oyuncuların amacı; bilgisayarın onlara verdiği görevleri başarıyla yerine getirmektir. Bu görevler hainleri açığa çıkarmak, bakım ve onarım, kuryelik, hatta çocuk bakıcılığı bile olabilir. Bilgisayar sizden 15 fare öldürüp kuyruklarını getirmenizi isteyebilir, sorgulamadan yerine getirmezseniz buharlaştırılırsınız. Bilgisayar çok kişilikli olduğu için; tesisin kuralları ve oyunculara yüklenen görevler birbirine ters düşebilir. Bu tip problemleri tesis kurallarına karşı gelmeden çözmek yine oyuncuların sorumluluğundadır. Oyuncuların girmeleri yasak olan bir odadan, bulundurmaları yasak olan belgeleri alıp, konuşmaları yasak olan bir memura götürmeleri olağandır. Tabi ki dost bilgisayardan yardım isteyebilirsiniz ama oyuncuların bilgisayardan yardım istemektense kendilerini öldürmeleri tavsiye edilir. Bu bilgi meta değildir, tesis sakini her karakterin bunu deneyimle öğrendiği varsayılır.

Tesiste yaşayan herkes sosyal statüsünü gösteren bir renk koduna sahiptir: Kızılötesi, kırmızı, turuncu, sarı, yeşil, mavi, indigo, mor ve morötesi sırasıyla en düşükten en yükseğe sosyal statüleri temsil eden renklerdir. Oyuncuların sahip olduğu sosyal statüye göre güç ve sorumlulukları değiştiği için oyun şekli de değişir. Kırmızılar genellikle tesis koridorlarında lazer tabancalarıyla koştururken, statü yükseldikçe verilen görevlerin amelelik kısmı azalırken politik yönleri belirginleşir, kısa sürede bilgisayarın verdiği görevin unutulması ve oyuncuların gizli görevlerinin oyunu ele geçirmesi olasıdır ve teşvik edilir.